L'entrée principale et les deux cours qui se succèdent jusqu'au Palais des études sont aménagées par Duban dès 1836 pour mettre en valeur le Palais en cours d'achèvement. La colonne triomphale surmontée d'un chapiteau corinthien marque le centre de la première cour. L'ange en bronze qui la surmontait est actuellement présenté dans le vestibule de la chapelle. Les éléments sculptés provenant de l'hôtel Legendre, qui sont dans les arcades qui font face à la chapelle, ne proviennent pas du Musée des monuments français mais de l'hôtel, construit rue des Bourdonnais à la fin du XVe siècle et au début du XVIe siècle, au décor caractéristique des débuts de la Renaissance en France.